במסגרת האבחון המורפולוגי המבוצע בבדיקת הזרע הסטנדרטית, לא נבדקת אלא המורפולוגיה (צורניות) החיצונית של תאי הזרע, לעומת זאת במיון המורפולוגי נבדקת בדקדקנות המורפולוגיה הפנימית (התוך-תאית) של תאי הזרע. לכן, גם אם בבדיקה הרגילה נתוני המורפולוגיה נמצאו תקינים, אין לכך כל השפעה על השיקולים לביצוע מיון זרע מורפולוגי.