למעוניינים בכך, ניתן לבצע אבחון מורפולוגי מעמיק (MSOME), כשלב מקדים לפני ביצוע מיון זרע מורפולוגי, לצורך בדיקת מדת התאמת הנבדק לביצוע המיון המורפולוגי. בבדיקה זו תאי הזרע נבדקים באופן כללי מבחינת המורפולוגיה התוך-תאית שלהם, אך אינם נבחרים ומבודדים בפרטנות כמו במיון המורפולוגי, כמו כן היא אינה מבוצעת כחלק מהליך IVF, ועלותה נמוכה יותר.